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在Ubuntu中安装Circos

叶林 — Fri, 11 May 2012 20:59:54 +0800

Circos是一个功能强大的数据和信息可视化工具，这好像是我迄今为止见到的最难安装的软件，折腾了半天才安装成功。

在Ubuntu中安装，首先要按照其网站上的说明进行如下操作：
tar xvfz circos-x.xx.tgz
cd circos-x.xx
Now either change the first line in scripts in bin/* and tools/*/bin to
#!/usr/bin/env perl
or (better) make a symlink from /usr/bin/env to /bin/env
sudo su
cd /bin
ln -s /usr/bin/env env

然后还要安装下面这些Perl模块，以Config::General为例，安装方法是：
sudo perl -MCPAN -e shell
cpan> install Config::General

Carp
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::MoreUtils
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
POSIX
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan
Storable
Sys::Hostname
Text::Format
Time::HiRes

安装这些模块过程中，GD，GD::Image及GD::Polyline这些模块比较麻烦，总是提示安装失败。
退出cpan
cpan> q
安装libgd-gd2-noxpm-perl
sudo apt-get install libgd-gd2-noxpm-perl

然后删除～/.cpan/build这个文件夹中所有以GD开头的文件和文件夹

重新进入cpan，继续安装perl模块即可。

这玩意儿虽然比较难安装，但作出来的图的确是相当漂亮的！

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苹果汁

叶林 — Thu, 03 May 2012 20:18:58 +0800

前几天回了趟老家，听说村里人说果园的坏苹果（腐烂苹果）全被收去榨果汁了，不管腐烂程度多么严重，只要能从地上捡起来的，是个苹果或者曾经是个苹果的东西全都收购，八毛钱一斤。据说电视台还进行了报道，但似乎没有相关部门对此进行处理。

有人以为，榨果汁之前，苹果腐烂的部分会被去掉，但实际上可能不是这样的，因为在收购的时候很多腐烂程度达到90%甚至100%腐烂的苹果，也被收购了。如果只用未有腐烂的部分榨果汁，应该不会收购100%腐烂的苹果吧！

有研究表明，腐烂的苹果中含有大量的棒曲霉素，又称展青霉素，是一种具有致畸、致癌、致突变作用的毒素。更可怕的是，腐烂苹果中的棒曲霉素大部分已经扩散至未腐烂部分，即使用未腐烂部分榨果汁，仍然可能含有棒曲霉素。

建议大家尽量少喝或不喝苹果汁，或者喝国外进口的苹果汁。

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终于找到能吃的东西了

叶林 — Fri, 27 Apr 2012 15:03:46 +0800

众所周知，近几年中国的食品出了不少问题，地沟油，三鹿奶，烂皮鞋，毒胶囊等等层出不穷……被网友戏称为“南地，北钙，东鞋，西毒”。这个问题是及其严重的，不仅关系到现在活着的中国人的健康，也关系到子孙后代的身体健康，甚至会影响到中华民族的未来。但是呢，普通老百姓对此却无可奈何，束手无策，一点办法也没有，只能乖乖等着“相关部门”去解决，现在看来，“相关部门”并不是非常给力，进展缓慢，几乎看不到改善的迹象，于是，这一等不知要等多少年！当前，普通老百姓最最最关心的就是在中国到底什么东西能吃？？终于。。。终于。。。人民日报在昨天进行了权威发布。。。山东河里有鱼能吃。。。

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MSU的高通量测序数据分析教程

叶林 — Sun, 15 Apr 2012 17:44:40 +0800

现在老多老多人想学高通量测序数据分析了，找不到地方学的话，去下面这个网站学就可以了，里包含了老多老多详细的教程：

ANGUS： http://ged.msu.edu/angus/

这个网站是密歇根州立大学（MSU）的人做的，内容非常清楚，非常详细，非常条理，一学就会。

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《十个词汇里的中国》

叶林 — Sun, 18 Mar 2012 21:44:01 +0800

《十个词汇里的中国》是本好书，作者余华围绕着”人民、领袖、阅读、写作、鲁迅、差距、革命、草根、山寨、忽悠“这十个普通的词汇，讲述了若干个小故事，把中华人民共和国成立后瞎折腾的三十年和最近改革开放三十年有机地联系了起来。读一读，可以更好地了解中国这个神奇的国家。

非常遗憾这本书没有在中国大陆出版。虽然在网上很容易下载到电子版，但建议有条件的读者尽量购买原版，尊重版权！

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香港读书的费用及奖学金情况

叶林 — Sun, 11 Mar 2012 16:25:07 +0800

很多人问我关于香港读书的学费，可不可以打工，奖学金有多少，是否可以留在香港工作等等之类的问题，下面是我了解到的一些信息，仅供了解大致情况，具体数字请向相关学校查询核实。

小学到高中 (公立学校)：
香港永久居民：免费。真的免费，不像大陆那样，一边声称免费义务教育，一边收学杂费。
非香港永久居民：不清楚。
私立学校据说学费很贵，具体多贵不清楚。

本科：
香港永久居民：学费每年4.2万港币。
非香港永久居民：学费每年11.9万港币。
这是香港大学的收费标准，其他学校可能略有差别。
如果成绩足够好，可以申请奖学金。
http://www3.hku.hk/mainland/admission.php#4
香港目前的生活费用（只包括最普通的吃和住，不包括买衣服和其它费用）大约需要5000港币/月，也就是说自费在香港读4年本科最少最少需要80万港币，稍微那么不节省一点，就会超过100万。不要惊讶，这点钱对很多中国人来说一点也不算什么。如果你和我一样觉得这是很大一笔钱，不是说明这真的是很大一笔钱，而是说明你和我一样都很穷：）
为什么香港本地人（永久居民）学费低？因为他们的父母在香港工作，是香港的纳税人，而非香港居民没有为香港做贡献，直接过来使用香港的教育资源，当然要多收费。

硕士：
香港的硕士分为两种，Msc和Mphil，前者学制一年，只上课就可以了；后者学制二年，除了上课还有一些科研任务。香港大学的情况如下：
Msc学费：80000港币每年，一般没有奖学金
Mphil学费：42100港币/年，奖学金163200港币/年

博士（PhD）：
学制3年或4年，香港大学博士学制四年，学费及奖学金和Mphil一样，学费：42100港币/年，奖学金163200港币/年

Msc适合家庭条件比较好的人，过来读一年书，只上课就可以了，非常轻松，然后就可以留下来工作。
Mphil和PhD适合家庭条件不那么好的人，读2-4年，因为要做一些研究工作，所以有压力，累一些，然后也可以留下来工作。
本科, Msc, Mphil和PhD刚开始工作的工资大约每个月2万港币左右吧，不同的专业会略有差别。有些人会因为在香港读了硕士或博士然后又在香港工作而自己感觉牛逼哄哄的，这其实是不太正常的，因为这样的收入很难在香港长期生活下去。如果所从事的工作技术含量不高，那么将来的工资也很难涨高，因为对于公司来说，随便找一个刚毕业的人就可以替代这个自我感觉牛逼哄哄的人。

根据香港的法律规定，读书期间不允许打工。

上面提到了很多港币数字，顺便说一下目前港币人民币汇率：1港币=0.81人民币

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BLASTN与MEGABLAST的区别

叶林 — Wed, 29 Feb 2012 12:23:16 +0800

BLASTN与MEGABLAST都可用于核酸序列的相互比对，区别之处是：与BLASTN相比MEGABLAST运行速度快，更灵敏，通常用于从数据库从查找非常相似的序列。二者各有各的优点：MEGABLAST很灵敏，运行速度快，只有非常相似的序列才能查找出来，而BLASTN不那么灵敏，相似度较低的序列也可以查找到，但运行速度就慢了。当然二者都可以通过调整Word Size来调整灵敏度。如何选择这两个工具以及如何选择合适的Word Size需要根据具体的数据情况进行一番纠结。

NCBI的网站上是这样说的：

MEGABLAST is the tool of choice to identify a nucleotide sequence.
The best way to identify an unknown sequence is to see if that sequence already exists in a public database. If the database sequence is a well-characterized sequence, then one will have access to a wealth of biological information. MEGABLAST, discontiguous-megablast, and blastn all can be used to accomplish this goal. However, MEGABLAST is specifically designed to efficiently find long alignments between very similar sequences and thus is the best tool to use to find the identical match to your query sequence. In addition to the expect value significance cut-off, MEGABLAST also provides an adjustable percent identity cut-off for the alignment, which provides cut-off in addition to the significance cut-off threshold set by Expect value.

NCBI的在线Blast工具核酸序列比对默认是使用的MEGABLAST （Optimize for Highly similar sequences）

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高通量测序相关资料汇总

叶林 — Mon, 27 Feb 2012 21:32:47 +0800

高通量测序又称下一代测序或第二代测序，能够快速、低成本获取大量的DNA序列，从而便于从基因的角度进行相关研究。目前主流的平台有454，Illumina，PacBio，Ion Torrent等等。之前陆陆续续写了一些关于高通量测序方面的东西，现在汇总一下（仅供参考，无法保证内容完全正确）：

1 关于454测序
2 高通量测序：
3 高通量测序的应用
4 高通量测序与云计算
5 高通量测序价格
6 两个高通量测序方面的培训班
7 高通量测序仪世界分布图
8 两种小型高通量测序仪
9 19个高通量测序序列拼接组装软件
10 高通量测序数据分析
11 各种高通量测序仪比较
12 低价高通量测序服务
13 模拟DGGE图像的软件
14 一些高通量测序数据处理软件
15 一些高通量测序数据分析平台
16 生物信息云计算模式

马上到了一年一度的中国国家自然科学基金项目申报时间，与生物（无论动物、植物还是微生物）相关的项目，今年肯定有很多人申请书都提到了高通量测序技术，高通量测序，下一代测序，深度测序，454测序，Illumina测序，拼接组装，物种注释，基因注释等等这些词吧？

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BLAST+使用方法

叶林 — Sat, 25 Feb 2012 12:48:45 +0800

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+，这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的，与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下：

格式化数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
参数说明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
参数说明:
-query：输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
-num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）
与上面的blastp用法类似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

以上的参数说明只是一些常用的参数，完整的参数说明可以用-help查询。

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喝酒这件事

叶林 — Tue, 21 Feb 2012 21:51:01 +0800

仔细琢磨，中国有太多太多不对劲的东西了，比如说几十年前，曾经弄了几个外国老头的画像挂在墙上，从天安门到各级政府办公室，直至小乡村的村委会办公室，无一不挂，一挂就是几十年。世界有几个国家做过这种蠢事？你们看看朝鲜，这个世界上最傻逼的国家，人家墙上都不挂外国老头的画像，可见中国曾经糊涂到什么程度。这样的事情，虽然不对劲，但过上几十年的时间，人们就会慢慢明白过来，并且很快改正过来，于是现在基本上看不到这些老头的画像了。

但有些事情不对劲，却不是很容易改掉的，比如喝酒这件事，本来是一件享受事情，适当喝一点，感觉很舒服，但中国形成的习惯却很奇怪，甚至有点变态，很多人和别人一起喝酒的时候一定要把别人灌醉才高兴，这不是变态是什么？稍微留意一下就会发现，中国有很多人，四十来岁，事业如日中天，但是胃却烂的一塌糊涂，去医院找医生看胃的时候，嘴里却还念叨着“不喝不行啊，不喝不行啊……”。不喝怎么能不行？少喝一点怎么能不行？顶多不就是少赚一点钱，少升一级官么？还有什么不行？很多人都对”不喝不行，不喝混不开，不喝不给面子，不喝不够意思，不喝不是哥们“这样的话深信不已，并且经常用这样的话语去勉励自己、教育别人，就这样就形成了中国独特的酒文化，害着中国一代又一代的人的健康！改掉这种不对劲，比摘掉那几个外国老头的画像可真是难多了！

看到这些文字的读者，请摸摸自己的肚子，再琢磨一下“不喝不行”这几个字，然后仍然觉得不喝不行的就继续去喝吧。

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