叶林的博客

用Word编辑MEGA构建的系统进化树

Ye Lin — Sun, 17 Jan 2010 22:01:52 +0800

用MEGA构建了系统进化树之后，虽然TreeExplorer窗口中提供了一些功能对进化树进行优化和编辑，但似乎有些不足之处，比如要将树枝名称用不同的字体或不同颜色区别开来，好像就没法实现。例如下面这个图，不同树枝信息颜色不同：

偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑树枝名词了.

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MEGA构建系统进化树的步骤

Ye Lin — Sun, 17 Jan 2010 21:26:01 +0800

MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载，最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。

2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。

6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。

一般说来，MEGA适用于对少量的序列进行比对和画Tree，如需处理大量或海量的序列数据，建议使用ARB。

免费的文件备份/同步/共享工具

Ye Lin — Sat, 16 Jan 2010 20:28:06 +0800

有一个叫做dropbox的玩意儿，试用了一下感觉非常不错，它是一个免费的文件备份、同步、共享工具，也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致，也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后，会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹，如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件，那么这些文件会被自动同步到其它电脑，速度超快，我用一个700多兆的文件测试了一下，瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号，dropbox空间大小是2G，邀请别人注册可以增大空间，最大5G。

另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。

大屿山上的凤凰山

Ye Lin — Tue, 06 Oct 2009 20:55:21 +0800

实验室似乎有Hiking的传统，每隔一段时间就要Hiking一下，这不，上个周末又去Hiking了一下，这次去的是凤凰山，比上次的港岛径难度大，山很陡、挺难走。我们中有个家伙一路上累的一言不发，目光呆滞、脸色苍白，哈哈。凤凰山（Lantau Peak），海拔934米，是大屿山的最高峰，香港第二高峰……更多关于凤凰山的介绍请移步维基百科。

路线：学校-<电车>-中环-<地铁>-东涌-<3M Bus>-伯公坳~~~翻过n个山头到达凤凰山山顶~~~下山到达昂坪-<Bus>-梅窝码头-<渡船>-中环-<小巴>-学校。

历时9个小时。

从半山腰往下看，公路扭了一个大大的反S形

这路真够陡峭啊

走了n久，休息了n回，终于到顶了，看到这块牌子大家都蛮有成就感的

路上的小花小草

下山的路上远远地看到一座大佛，这是位于大屿山宝莲寺前木鱼峰上的天坛大佛。

近看大佛

心经简林，全球最大户外的木刻佛经群，上面刻着《摩诃般若波罗蜜多心经》，प्रज्ञापारमिताहृदयसूत्र，Prajñāpāramitā Hridaya Sūtra，能看懂不？

在山下的公路上看到一头牛，大摇大摆地走着，我正想给它拍个照，这时一只狗也跑过来凑热闹，多么和谐的画面啊！

定时插座使用方法

Ye Lin — Tue, 29 Sep 2009 23:16:42 +0800

实验室有很多这种定时插座，咋看上去有点玄乎，不知道怎么用，其实很简单：
首先让箭头对准当前时间，然后按下去表示接通，扳起来表示断开。
上面是有人录制的一段视频，不错，一看就明白。

酶切位点分析

Ye Lin — Sat, 26 Sep 2009 22:03:24 +0800

前段时间做了一个克隆文库，有点大，拿到上百条序列，有了序列后，想选择一种合适的酶进行酶切，进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具，好像都是可以用多种酶去切一个序列，而不能同时切多个序列。要是序列不多，一个个切切还可以，可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作，不但能把手累的抽筋，眼都能被累的抽筋，实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。

首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SeqIO;
my $file = 'All_Sequences.fas';
my $site = 'CCGG';
my $n = 2;
my $inputfile = Bio::SeqIO->new(-format => 'fasta', -file => $file);
my $outputfile = "Result.txt";
unless ( open(RESULT, ">$outputfile") ) {
print "Cannot open \"$outputfile\" to write to!!\n\n";
exit;
}
while ( my $seq = $inputfile->next_seq) {
my $str = $seq->seq;
if ( $str =~ /$site/ ) {
print RESULT index ($str, $site, 0)+$n, "\n";
print $seq->id, " -> ", index ($str, $site, 0)+$n,"\n";
}
}
close(RESULT);

使用说明：

首先要先安装Perl，另外还需要安装Bioperl。然后将上面这段代码保存到一个文本文档中，将后缀名改为.pl，把待切的多条序列合并到一起(fasta格式)，命名为All_Sequences.fas，和这个.pl文件放在同一个文件夹，然后和运行其它perl程序一样运行就可以了。需要说明的是上面只是用一个酶(MSP I)去切放在All_Sequences.fas这个文件中的所有序列，结果保存打印在屏幕上同时保存在Result.txt这个文件中，如果需要用别的酶，my $site = 'CCGG';和my $n = 2;这两行需要进行相应的修改，具体怎么改我就不说了，做酶切的同学肯定知道怎么改。

显而易见，这个东西使用起来不是很方便，因此如果需要处理的序列不是很多，使用这个代码没有什么优势，不需要使用，序列多的话，可以考虑用一下。

有人知道用什么软件可以进行类似的操作吗？如果知道，麻烦留言告诉我一下:)

用Quantity One进行定量分析的方法

Ye Lin — Sun, 06 Sep 2009 21:17:59 +0800

Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大，到底多么强大在这就不说了。用处很多，到底多么多在这也不说了，具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法：

有下面这么一张DGGE图像，需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。

第一步：建立泳道

点击菜单栏“Lane-Auto Frame Lanes”，一般情况下Quantity One会自动识别并建立泳道。但也有很多时候不能自动建立泳道，这就需要选择菜单栏“Lane- Frame Lanes…”然后输入要建立泳道的数目，手动建立泳道。泳道建立后需要调整，在菜单栏“Lane-Edit Frame”中有拉伸、旋转、移动、添加/删除锚点等选项，通过这些选项可以对泳道进行调整，调整后大致如下：

第二步：消除泳道背景

点击菜单栏“Lane-Lane Background…”跳出一个对话框，“All Lanes”中选择第二个，然后点一下第5条泳道，“Selected Lane”的下面会显示Selected Lan:#5(#5)，然后选择”Lane On“ Rolling Disk Size中填一个10～20之间的数(可以多尝试几个，看看效果)，最后点“Done”完成操作。

第三步：建立条带

点击菜单栏“Band->Detect Bands…”打开一个对话框，调整Sensitivity和Lane Width的数值，使每个条带都被检测到，如果条带上面显示的是一条红线，可以在“Band-Band Attributes”的Style栏中选择Brackets，使之显示为括号形式。条带建立后图像显示如下：

第四步：生成报告

点击菜单栏“Report-Lane Report”然后点一下第五条泳道，在弹出的对话框的Measurements 一栏中选择Trace Qty (个人感觉选择这个比较合适，也可以选择其他的看看效果)，然后点Report，就看到了每个条带的Trace Qty值，这个值与DNA的浓度呈正比，根据这个值计算百分比即可。

以上仅仅是Quantity One进行定量的简单流程，非常不具体，一些具体的参数设置及软件的其它功能请参考相关的使用说明或教程。另外，不确定上面的操作是否有不当之处，如有请多指教。

最简单最好用的截图软件

Ye Lin — Tue, 01 Sep 2009 19:17:11 +0800

用过不少截图软件，感觉最好用的是QQ带的截图功能，屏幕截图、视频截图功能都很好用，还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人，用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ，为了抓图而登录QQ就很不爽。

另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面，需要先保存，然后在弄到Word里去。

下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件：

下载地址：简单小巧的截图软件

纯绿色，无需安装，解压即可用，只有2个文件。下载之后，将其放在硬盘某处，然后在快速启动栏建一个快捷方式，使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用，如果需要高级截图功能，那就别用它了。

据说这个小软件是从QQ分离出来的，是一个典型的盗版软件！:)

用BioEdit合并多个基因序列文件

Ye Lin — Thu, 20 Aug 2009 19:07:51 +0800

以前做了个小软件用来合并多个基因序列文件，昨天发现，用BioEdit就可以进行合并，非常简单，合并方法如下：

1、打开BioEdit，点击“File”->"New Alignment";
2、“File"->"import"->"Sequence Alignment file"，将全部要合并的序列导入；
3、”File“->”Save“ or "Save as"，保存为.fas格式文件。OK！

BioEdit是一个优秀的、卓越的、非常不错的、免费的序列编辑与分析软件。

BioEdit下载地址：BioEdit

论坛搜索是个好东西

Ye Lin — Sun, 26 Jul 2009 22:11:40 +0800

上网查资料或找东西的时候一般都是先打开搜索引擎，然后胡乱搜索、胡乱点击一番，找着就找着了，找不到就拉倒了……

论坛搜索有时候能找到一些直接在搜索引擎普的通搜索中不易找到的信息。

比如想买个手机，打算买诺基亚E71，先上网看看已经买了这款手机的朋友怎么评价，于是，打开Google，输入“诺基亚 E71”一搜，我的天啊，zol，太平洋，it168，全是大站，全是专家写的文章，什么评测啊，报价啊，图片啊，参数啊，令人眼花缭乱，根本不是想看的来自普通用户的使用感受，要倾听来自普通用户的声音，怎么办呢？继续往下看！

再举个例子，有时候需要搜很专业的东西，比如PCR，DGGE。想看看别人做PCR、DGGE的时候会遇到什么样的问题，如何解决？如何才能将DGGE做得条带清晰，有什么心得感受等等。在Google中搜索PCR、DGGE等关键词，出来的结果前几个一般是介绍PCR、DGGE是什么，后面紧接着一大堆论文……

用百度搜，搜出的结果也差不多是这些东西，顺便说一句，经过我长久观察，百度给出的搜索结果远远比Google差，还喜欢用百度的同学注意了，赶紧换用Google。

上面举的两个例子没搜到我们要搜到东西，不是说搜索引擎给做的不好，原因是搜索引擎需要照顾的用户太多了，不能专门照顾想倾听普通用户声音的搜索者。论坛搜索就是专门解决这个问题的。这方面Google做到非常好，不知什么时候在其搜索百宝箱里已经提供了论坛搜索的功能。

论坛搜索比较好用的有下面两个：

1 Google

用Google又有两种方法：

(1)打开Google或谷歌，输入关键词搜索，结果出来后，点“搜索百宝箱”然后点“论坛”，ok；
(2)直接在http://groups.google.com/ 中搜索

2 Qihoo

http://www.qihoo.com/bbs.html，不用多说了，去搜就行了。

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